生态环境部印发的《关于做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情医疗污水和城镇污水监管工作的通知》要求，已发生疫情的地方，当地生态环境部门要指导督促相关医疗机构对污水和废弃物进行分类收集和处理，做到稳定达标排放；对没有医疗污水处理设施或污水处理能力达不到要求的，应督促因地制宜建设临时性污水处理罐（箱）；加强对医疗污水消毒情况的监督检查，严禁未经消毒处理或处理未达标的医疗污水排放。
通知提出，对城镇污水处理厂，要督促其加强消毒工作，确保出水粪大肠菌群数指标达到相关排放标准要求。未发生疫情的地方，要密切关注疫情发展动态，并要求本行政区域内医疗机构、接纳医疗污水的城镇污水处理机构等提前做好应对准备。
通知还要求，加大农村医疗污水处置的监管力度、禁止医疗污水进入农田灌溉渠道、防范医疗污水污染饮用水源、加大重点场所监督检查力度、做好信息发布共享等。
配套发布的《新型冠状病毒污染的医疗污水应急处理技术方案（试行）》明确规定，疫情期间，接收新型冠状病毒感染的肺炎患者或疑似患者诊疗的定点医疗机构（医院、卫生院等）、相关临时隔离场所以及研究机构等产生的污水，应作为传染病医疗机构污水进行管控，强化杀菌消毒，确保出水粪大肠菌群数等各项指标达到《医疗机构水污染物排放标准》的相关要求。
技术方案明确了新型冠状病毒污染的医疗污水应急处理要本着加强分类管理、严防污染扩散，强化消毒灭菌、控制病毒扩散的原则进行管控，并对采用化学药剂进行消毒处理、采用专用设备进行消毒处理、污泥处理处置等方面提出了具体技术要求。